Die Zubereitung von Medikamenten war ursprünglich die Aufgabe des Apothekers. Heute stellt die pharmazeutische Industrie den größten Teil der Arzneimittel her. Trotzdem lernt der Apotheker in seiner Ausbildung, dem Pharmaziestudium, alle hierfür erforderlichen Grundlagen. Diese Kenntnisse ermöglichen es dem Apotheker seine aktuelle Hauptaufgabe, neben dem Verkauf fertiger Medikamente, wahrzunehmen – die Beratung.
Das deutsche Arzneimittelgesetz schreibt vor, dass nur Apotheken Medikamente verkaufen dürfen, für deren Verwendung eine Beratung erforderliche ist. Diese Apothekenpflicht gilt für alle derartigen Arzneimittel und ist unabhängig von einer Verschreibungspflichtigkeit. Es fallen also auch Medikamente unter die Apothekenpflicht, die ohne Rezept abgegeben werden dürfen, wenn ein Beratungsbedarf besteht. Der Apotheker ist im Gegenzug auch zur Beratung verpflichtet. Das heißt, solange der Kunde eine Beratung nicht ausdrücklich ablehnt, muss das Apothekenpersonal bei der Abgabe von Arzneimitteln über deren Wirkung aufklären. Dieser Punkt war auch ein wesentliches Argument gegen die Zulassung von Versandapotheken. Nach der aktuellen Gesetzgebung sind auch Online-Apotheken zur Beratung verpflichtet, auch wenn diese nicht über ein persönliches Gespräch erfolgt.
Im Unterschied zum Arzt, lernt der Apotheker in seiner Ausbildung erheblich mehr über Arzneimittel sowie deren Wirkungen und Nebenwirkungen. Auch wenn er Medikamente nur noch selten selbst herstellt, ist er verpflichtet, eine Grundausstattung chemischer Apparate und Reagenzien, aber auch Fachliteratur vorzuhalten. Sein Wissen und diese Materialien erlauben es dem Apotheker, Arzneimittel zu prüfen und eine kompetente Beratung durchzuführen. Er ist dadurch in der Lage, selbständig vergleichbare Medikamente auszuwählen. Dies ist im Zuge der Kostensenkungsmaßnahmen im Gesundheitswesen von besonderer Bedeutung. Mit seinen Kenntnissen ist es dem Apotheker möglich, die günstigsten Arzneimittel auszuwählen und da er seit 2004 nur noch einen festen Betrag für verschreibungspflichtige Medikamente bekommt, entsteht ihm kein Vorteil durch den Verkauf teurer Arzneimittel. Die Beratung durch den Apotheker ist insofern auch von entscheidender Bedeutung für die Senkung der Arzneimittelkosten.
Die Hauptaufgabe des Apothekers hat sich von der Arzneimittelherstellung zum Verkauf und zur Beratung verlagert. Durch seine Ausbildung ist der Apotheker in der Lage, die Verschreibungen eines Arztes kritisch zu prüfen und die besten und günstigsten Medikamente für die Behandlung einer festgestellten Krankheit auszuwählen. Die Beratung durch den Apotheker ist daher auch ein wichtiges Element zur Kostensenkung im Gesundheitswesen.
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